Mennistenerf wordt met ingang van 1 juli 2018 bestuurd door een eenhoofdige Raad van Bestuur, de heer L. Groenendaal. De Raad van Bestuur is verantwoordelijk voor de opstelling van het strategisch beleid, inclusief de bedrijfsvoering, organisatieontwikkeling en huisvesting. De Raad van Bestuur geeft leiding aan het managementteam. De leden van het managementteam geven op hun beurt leiding aan de teamleiders.

De Raad van Toezicht ziet toe op het functioneren van de Raad van Bestuur en bestaat uit de volgende leden: mevrouw L.B.J. Schmitz (voorzitter), de heer G.J. Hoogterp, de heer A.S. de Jong, mevrouw A. Harbrink Numan en mevrouw J.H.C. Ronchetti-van der Louw. De Raad van Toezicht keurt onder meer de begroting, het jaarverslag en de jaarrekening goed. De wijze van toezicht is vastgelegd in de statuten van de stichting en de reglementen van de Raad van Toezicht en Raad van Bestuur.

De Raad van Bestuur voert in het kader van de medezeggenschap regelmatig overleg met de ondernemingsraad (OR) en de cliëntenraad (CR).