Mennistenerf is onderdeel van Zorggroep Zaanstreek en wordt bestuurd door een eenhoofdige Raad van Bestuur: Suus Brink. Zij is verantwoordelijk voor de opstelling van het strategisch beleid, inclusief de bedrijfsvoering, organisatieontwikkeling en huisvesting. Daarnaast geeft ze leiding aan het managementteam. De leden van het managementteam geven op hun beurt leiding aan de teamleiders. De Raad van Bestuur voert in het kader van de medezeggenschap regelmatig overleg met de ondernemingsraad (OR) en de cliëntenraad (CR).

De Raad van Toezicht ziet toe op het functioneren van de Raad van Bestuur en bestaat uit de volgende leden: mevrouw L.B.J. Schmitz (voorzitter), de heer A.S. de Jong, mevrouw A. Harbrink Numan, mevrouw J.H.C. Ronchetti-van der Louw, mevrouw A.W. Wind.
De Raad van Toezicht keurt onder meer de begroting, het jaarverslag en de jaarrekening goed. De wijze van toezicht is vastgelegd in de statuten van de stichting en de reglementen van de Raad van Toezicht en Raad van Bestuur.